1995年4月12日から2004年1月3日まで、単発的に放送された。通常は1時間の放送であるが、スペシャルでは2時間以上にわたる長編となっている。但し、山口智子出演の『しばしのお別れ』のみ2時間以上のスペシャルではなく、90分スペシャルになっている。
『古畑任三郎 vs SMAP』では、シリーズ初となる三谷幸喜自身による自作解説が冒頭に挿入され、ビデオ及びDVDにも収録されている。2006年10月9日に「ドラマレジェンドスペシャル」第一弾として再放送された。また、この回に西園寺が初登場。『黒岩博士の恐怖』に2度目の登場し、第3シーズンに正式なレギュラーとなる。
松本幸四郎出演の『すべて閣下の仕業』でも番組冒頭で三谷幸喜による解説が入る予定であったが、時間枠の都合上カットされた。その部分は後に発売されたDVDに「幻のオープニング」としてセル版にのみ収録されている。本来はこの『すべて閣下の仕業』によって古畑は完結する予定であったという。また、古畑の判断ミスにより犯人の拘束に失敗した希有なケースであったことが後に語られる。
【出演】
田村正和、西村雅彦、石井正則
古畑任三郎 スペシャル （テレビドラマ）
※ 再生に時間がかかる場合があります。
第13回. 笑うカンガルー(陣内孝則) 1995年4月12日
【youku】１-１ １-２ １-３ １-４
第24回. しばしのお別れ (山口智子)1996年3月27日
【youku】２-１ ２-２ ２-３ ２-４
第3話. 消えた古畑任三郎
【youku】３-１ ３-２ ３-３ ３-４
第26回. 古畑任三郎 vs SMAP (SMAP)1999年1月3日
【youku】４-１ ４-２ ４-３ ４-４ ４-５ ４-６ ４-７
第27回. 黒岩博士の恐怖 (緒形拳)1999年4月6日
【youku】５-１ ５-２ ５-３ ５-４ ５-５
第39回. すべて閣下の仕業 (松本幸四郎)2004年1月3日
【youku】６-１ ６-２ ６-３ ６-４ ６-５
